本系的教學設計,是將生物技術分類為三種核心技術,分別是分子檢測與操作,細胞科技,及生物體研究與應用。教師群則分成三個教學小組,分別負責這3種核心技術的教學。學生先學習這三種核心技術的基礎與共通課程,再選擇至少一種核心技術進行更專精的學習,選修針對該核心技術所設計的系列課程。
所以本系的教育目標,是培養學生了解生物科技上述3種核心技術的內涵與理論,但是至少專精於某一種核心技術,以養成專業能力,利於就業或再升學。另外,本系也提供跨領域選修課程,及創新創業選修課程,供欲培養自己成為跨領域人才,或對創業有興趣的學生學習。