本系畢業生可就業於各種生物科技公司的研發部門、生產部門、品管部門、或業務部門。生技公司包括飼料業、肥料業、觀賞魚業、生物製劑業、生物醫學業、檢驗分析業、檢驗試劑開發生產業、保健食品業、發酵技術利用的相關工業、生態調查與顧問公司、環境影響評估業、碳權交易相關事業、及技術服務類公司等。或是參加公職考試進入政府部門從事食品安全檢驗管理、農產品檢驗管理等職務。