本系的教學設計，是將生物技術分類為三種核心技術，分別是分子檢測與操作，細胞科技，及生物體研究與應用。教師群則分成三個教學小組，分別負責這3種核心技術的教學。學生先學習這三種核心技術的基礎與共通課程，再選擇至少一種核心技術進行更專精的學習，選修針對該核心技術所設計的系列課程。

所以本系的教育目標，是培養學生了解生物科技上述3種核心技術的內涵與理論，但是至少專精於某一種核心技術，以養成專業能力，利於就業或再升學。另外，本系也提供跨領域選修課程，及創新創業選修課程，供欲培養自己成為跨領域人才，或對創業有興趣的學生學習。